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治疗腹泻，只依赖黄连素并不是很恰当，而用黄连素做预防就更错上加错。北京军区总医院副院长、消化内科主任医师韩英教授介绍，黄连素是老百姓的常用药、多用药，遇有闹肚子的情况，几片药下去往往很见效。有的人干脆想当然地用黄连素预防腹泻，外出吃饭或是游玩之时，为了避免腹泻，就提前吃上几片。其实这样的做法容易引起细菌的耐药性，对于腹泻的治疗有害无益。
引发腹泻有多种原因，既可能是对某种食物发生过敏，也可能是进食了不干净食物引起感染，还有可能是肠易激综合征的表现。面对腹泻发作，首先需要查明原因，然后才好对症治疗。除了细菌感染引发的腹泻外，其他几种腹泻都不必吃抗生素。单就细菌感染的腹泻而言，黄连素也只适合于轻度炎症，重度炎症则应使用消炎作用强一些的抗生素。需要着重说明的是，由于黄连素具有一定的固涩止泻作用，有的人在服用黄连素后腹泻可能止住了，但继之又发生了便秘。
如今患肠易激综合征的人不少，这种病并非肠道器质性病变所致，而与肠道神经功能密切相关。患有这种疾病的人，有的人表现为腹泻，有的人表现便秘，有的人表现为腹泻－便秘的交替出现。韩英教授认为，有的人出现腹泻服用黄连素后出现的好转，很可能只是一种假象。而长期这样治疗，有可能使肠道菌群失调、运动功能发生紊乱，从而使肠道自我调节的能力受到影响，甚至形成恶性循环。由食物过敏引起的腹泻，则需要查找过敏原，远离过敏原，与抗生素就更无关了。
而靠吃黄连素来“预防”腹泻，就更是错上加错了。这是一种对细菌的“挑逗”行为，不但没有任何好处，反而还会让细菌产生抗药性。用于预防的剂量通常都不会太大，细菌在与药物的抵抗中容易“获胜”。如果经常这样“锻炼”细菌，只能使细菌“抵抗”经验丰富，由弱变强。韩英教授强调，服用黄连素以期预防腹泻，无异于“挑逗”肠道细菌，有害无益。
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